COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 17.223449 17.223449 15.725344
2021-01-26 17:00:00 14.387580 14.387580 15.625823
2021-01-25 17:00:00 16.812960 16.812960 15.711861
2021-01-24 17:00:00 15.241753 15.241753 15.849248
2021-01-23 17:00:00 15.232121 15.232121 16.025636
2021-01-22 17:00:00 16.586369 16.586369 16.263699
2021-01-21 17:00:00 14.763003 14.763003 16.749371

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 13.005671 13.005671 4.619160
2021-01-26 17:00:00 3.870639 3.870639 4.592009
2021-01-25 17:00:00 1.579670 1.579670 4.572735
2021-01-24 17:00:00 4.072171 4.072171 4.759334
2021-01-23 17:00:00 4.139352 4.139352 4.910521
2021-01-22 17:00:00 6.028436 6.028436 5.163944
2021-01-21 17:00:00 3.239114 3.239114 5.525124

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 21.764706 17.205882 19.071367
2021-01-26 17:00:00 17.956656 17.956656 18.947161
2021-01-25 17:00:00 29.831933 29.831933 18.821116
2021-01-24 17:00:00 17.777778 17.777778 18.713306
2021-01-23 17:00:00 12.016293 18.849840 19.063339
2021-01-22 17:00:00 15.178571 15.178571 19.097480
2021-01-21 17:00:00 21.771218 21.771218 19.473277

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 9.283445 9.283445 11.652485
2021-01-26 17:00:00 12.782369 12.782369 11.596298
2021-01-25 17:00:00 24.909747 9.212283 11.832467
2021-01-24 17:00:00 11.587040 11.587040 12.163246
2021-01-23 17:00:00 14.607558 14.607558 12.227583
2021-01-22 17:00:00 13.435560 13.435560 12.567451
2021-01-21 17:00:00 10.960068 10.960068 12.750996

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 11.926698 11.926698 12.996603
2021-01-26 17:00:00 22.086445 22.086445 13.184699
2021-01-25 17:00:00 20.822977 20.822977 13.454352
2021-01-24 17:00:00 9.525082 9.525082 13.136438
2021-01-23 17:00:00 10.037532 10.037532 12.894096
2021-01-22 17:00:00 24.064404 24.064404 12.814095
2021-01-21 17:00:00 10.189534 10.189534 12.826582

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 23.868632 23.868632 29.009688
2021-01-26 17:00:00 32.021928 32.021928 28.898378
2021-01-25 17:00:00 37.403599 37.403599 28.677811
2021-01-24 17:00:00 22.874456 22.874456 28.752182
2021-01-23 17:00:00 33.710757 33.710757 29.093492
2021-01-22 17:00:00 32.942040 32.942040 29.621500
2021-01-21 17:00:00 28.833552 28.833552 29.900215

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 17.288336 17.288336 16.650454
2021-01-26 17:00:00 14.998219 14.998219 16.203241
2021-01-25 17:00:00 19.977925 19.977925 16.146238
2021-01-24 17:00:00 21.112040 21.112040 16.155807
2021-01-23 17:00:00 17.207299 17.207299 16.635811
2021-01-22 17:00:00 9.385382 9.385382 17.157571
2021-01-21 17:00:00 10.233645 19.933252 17.977229

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 8.497396 8.497396 7.089703
2021-01-26 17:00:00 6.182684 6.182684 7.117712
2021-01-25 17:00:00 8.088848 5.464891 7.402969
2021-01-24 17:00:00 8.335307 6.706465 7.657298
2021-01-23 17:00:00 7.986453 7.986453 7.824242
2021-01-22 17:00:00 6.955621 6.955621 8.217706
2021-01-21 17:00:00 7.986026 7.986026 8.807700

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 10.000000 10.000000 10.914522
2021-01-26 17:00:00 9.045394 9.045394 10.689857
2021-01-25 17:00:00 14.682184 10.377358 10.979673
2021-01-24 17:00:00 15.404837 15.404837 11.130933
2021-01-23 17:00:00 12.427023 12.427023 11.313624
2021-01-22 17:00:00 11.558346 11.558346 11.412375
2021-01-21 17:00:00 9.211524 9.211524 11.780688

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 23.734603 23.734603 23.036929
2021-01-26 17:00:00 28.107861 28.107861 22.836823
2021-01-25 17:00:00 23.604263 23.604263 22.729611
2021-01-24 17:00:00 21.056662 21.056662 22.608571
2021-01-23 17:00:00 21.044694 21.044694 22.628096
2021-01-22 17:00:00 22.700023 22.700023 22.654181
2021-01-21 17:00:00 23.312115 23.312115 22.862647

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 14.116934 14.116934 11.589854
2021-01-26 17:00:00 11.456693 11.456693 11.587406
2021-01-25 17:00:00 10.741139 10.741139 11.464505
2021-01-24 17:00:00 17.106549 17.106549 11.327868
2021-01-23 17:00:00 9.026830 9.026830 11.235434
2021-01-22 17:00:00 9.898075 9.898075 11.382594
2021-01-21 17:00:00 11.091393 11.091393 11.376019

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 7.563025 7.563025 6.569774
2021-01-26 17:00:00 3.398058 3.398058 6.532920
2021-01-25 17:00:00 8.048290 8.048290 6.653290
2021-01-24 17:00:00 10.334347 4.863222 6.913427
2021-01-23 17:00:00 6.906475 6.906475 7.248837
2021-01-22 17:00:00 9.421488 9.421488 7.369960
2021-01-21 17:00:00 6.601942 6.601942 7.806539

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 70.801034 70.801034 84.157566
2021-01-26 17:00:00 157.464789 157.464789 85.169724
2021-01-25 17:00:00 56.980057 135.470085 83.147535
2021-01-24 17:00:00 52.484076 52.484076 79.523907
2021-01-23 17:00:00 73.600000 73.600000 78.359836
2021-01-22 17:00:00 98.076923 98.076923 77.067344
2021-01-21 17:00:00 70.049505 70.049505 74.514188

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 86.738351 86.738351 55.077212
2021-01-26 17:00:00 39.949109 39.949109 54.536341
2021-01-25 17:00:00 29.090909 50.871632 53.624811
2021-01-24 17:00:00 42.810458 42.810458 53.062227
2021-01-23 17:00:00 62.866450 62.866450 53.385560
2021-01-22 17:00:00 48.118280 48.118280 53.497273
2021-01-21 17:00:00 42.268041 42.268041 54.175985

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 15.435232 15.435232 16.271415
2021-01-26 17:00:00 12.671889 12.671889 16.056908
2021-01-25 17:00:00 20.442930 20.442930 16.136013
2021-01-24 17:00:00 16.747835 16.747835 16.306454
2021-01-23 17:00:00 16.230823 16.230823 16.276429
2021-01-22 17:00:00 21.937984 21.937984 16.367970
2021-01-21 17:00:00 15.575113 15.575113 16.747442

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 29.653680 29.653680 33.176851
2021-01-26 17:00:00 19.046708 26.575855 32.344120
2021-01-25 17:00:00 19.049881 47.814727 31.850616
2021-01-24 17:00:00 68.781543 68.781543 31.168652
2021-01-23 17:00:00 28.408775 28.408775 30.678281
2021-01-22 17:00:00 27.190171 27.190171 29.781564
2021-01-21 17:00:00 35.056365 35.056365 29.628927

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 8.091554 8.091554 7.839949
2021-01-26 17:00:00 5.086620 5.086620 7.692761
2021-01-25 17:00:00 11.694915 11.694915 7.907101
2021-01-24 17:00:00 7.836991 7.836991 7.872645
2021-01-23 17:00:00 8.451327 8.451327 7.861139
2021-01-22 17:00:00 7.272727 7.272727 8.069771
2021-01-21 17:00:00 5.970898 9.089173 8.242602

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 15.301890 15.301890 17.816877
2021-01-26 17:00:00 16.253351 16.253351 18.619131
2021-01-25 17:00:00 16.993088 14.992377 19.093235
2021-01-24 17:00:00 20.212520 14.988010 19.768266
2021-01-23 17:00:00 20.241217 20.241217 20.721926
2021-01-22 17:00:00 22.238634 22.238634 21.687037
2021-01-21 17:00:00 21.068859 21.068859 22.603936

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 7.273254 8.928413 8.148744
2021-01-26 17:00:00 6.432422 6.432422 8.055320
2021-01-25 17:00:00 13.422392 7.699325 8.179207
2021-01-24 17:00:00 9.070529 9.070529 8.209829
2021-01-23 17:00:00 8.525988 8.525988 8.253883
2021-01-22 17:00:00 7.575490 7.575490 8.460877
2021-01-21 17:00:00 9.011107 9.011107 8.632937

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 23.029967 23.064318 23.478084
2021-01-26 17:00:00 18.771331 22.339561 23.195677
2021-01-25 17:00:00 38.150289 23.000000 22.408551
2021-01-24 17:00:00 21.147260 21.147260 21.929620
2021-01-23 17:00:00 28.400342 28.400342 21.621071
2021-01-22 17:00:00 26.637555 26.637555 21.389626
2021-01-21 17:00:00 21.882173 21.882173 21.004107

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 18.888889 18.888889 19.795195
2021-01-26 17:00:00 1.941748 16.504854 19.836127
2021-01-25 17:00:00 11.267606 11.267606 19.771052
2021-01-24 17:00:00 23.287671 23.287671 20.305577
2021-01-23 17:00:00 10.416667 35.416667 21.113208
2021-01-22 17:00:00 23.170732 23.170732 21.711382
2021-01-21 17:00:00 27.419355 27.419355 21.810009

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-27 17:00:00 57.071070 24.324001 32.135409
2021-01-26 17:00:00 27.028986 27.028986 32.427722
2021-01-25 17:00:00 37.694484 33.333333 33.443491
2021-01-24 17:00:00 39.899833 39.899833 34.793087
2021-01-23 17:00:00 35.129604 35.129604 36.615309
2021-01-22 17:00:00 38.238110 38.238110 36.917344
2021-01-21 17:00:00 31.207218 31.207218 38.242513

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 13.005671 13.005671 4.619160
Basilicata 21.764706 17.205882 19.071367
Calabria 9.283445 9.283445 11.652485
Campania 11.926698 11.926698 12.996603
Emilia-Romagna 23.868632 23.868632 29.009688
Friuli Venezia Giulia 17.288336 17.288336 16.650454
Lazio 8.497396 8.497396 7.089703
Liguria 10.000000 10.000000 10.914522
Lombardia 23.734603 23.734603 23.036929
Marche 14.116934 14.116934 11.589854
Molise 7.563025 7.563025 6.569774
P.A. Bolzano 70.801034 70.801034 84.157566
P.A. Trento 86.738351 86.738351 55.077212
Piemonte 15.435232 15.435232 16.271415
Puglia 29.653680 29.653680 33.176851
Sardegna 8.091554 8.091554 7.839949
Sicilia 15.301890 15.301890 17.816877
Toscana 7.273254 8.928413 8.148744
Umbria 23.029967 23.064318 23.478084
Valle d'Aosta 18.888889 18.888889 19.795195
Veneto 57.071070 24.324001 32.135409

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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